Samkvæmt skipuriti sem samþykkt var af bæjarstjórn í júní 2016 skiptist Seyðisfjarðarskóli í fjórar deildir. Leikskóladeild, grunnskóladeild, listadeild og stoðdeild.
Leikskóladeild og grunnskóladeild starfa með aukinni áherslu á samhæfð vinnubrögð og samstarf á milli deilda. Listadeild er í mótun til að ná utanum starfið í tónlistarskólanum ásamt kennslu í öðrum listgreinum í skólanum. Sú þróunarvinna fer fram í samstarfi við Menningarmiðstöðina Skaftfell og aðra þá sem koma að fjölbreyttri listgreinakennslu við skólann. Fjórða deildin, stoðdeild, nær til þess stuðningskerfis sem nauðsynlegt er öllu skólastarfi svo sem skólahjúkrun, sérkennslu, húsvörslu og annars stuðnings.
