Seyðisfjarðarskóli skiptist í grunnskóladeild, leikskóladeild og listadeild. Að auki er skipulögð stoðdeild.
Sýn skólans er sú að í hverjum nemenda búi fjársjóður. Hlutverk skólans er að þroska þann sjóð, mennta ábyrga, hæfa og skapandi einstaklinga í samvinnu við heimilin og nánu samstarfi deildanna, í samræmi við aðalnámskrá leik-og grunnskóla, lög og reglugerðir.
Í skólastefnu kemur fram að leiðarljós starfsins sé góð samvinna, lýðræði og jafnrétti og jafnramt að sköpunarkraftur, sjálfbærni, fjölbreytileiki og gagnrýnin hugsun einkenni skólastarf í öllum deildum og á öllum skólastigum.