Nemendaverndarráð Seyðisfjarðarskóla starfar samkvæmt reglugerð um nemendaverndarráð í grunnskólum. Hlutverk nemendaverndarráðs er að samræma skipulag og framkvæmd þjónustu við nemendur varðandi heilsugæslu, námsráðgjöf og sérfræðiþjónustu og forvarnir. Í nemendaverndarráði Seyðisfjarðarskóla sitja; skólastjóri, aðstoðarskólastjórar í leik- og grunnskóladeildar, skólahjúkrunarfræðingur og sérkennari. En nemendaverndarráð nær einnig til nemenda í leikskóladeild og sinnir umsjón með vinnu við Austurlandslíkanið.
Nemendaverndarráð fjallar um sérstök úrræði fyrir einstaka nemendur eða nemendahópa. Ráðið metur eftir atvikum mál sem koma á borð þess og kemur í farveg sem leiðir til lausna. Fundir eru haldnir fimm til sex sinnum á ári.
Þurfi nemandi að mati umsjónarkennara, á sérstakri aðstoð að halda vegna fötlunar, sjúkdóms eða námslegra, félagslegra eða tilfinningalegra erfiðleika, skal umsjónarkennari vísa málinu skriflega til skólastjóra sem getur lagt málið fyrir nemendaverndarráð.
Nemendaverndarráð hefur alltaf hag nemenda að leiðarljósi, ráðið er úrlausnarmiðað og styðjandi við barnið, bekkinn, kennarann og foreldrana eftir því sem við á.